Menangani penetrasi-penetrasi pada atap bukanlah perkara mudah. Diperlukan kesabaran dan pengalaman serta ketrampilan pekerja yang khusus melakukan pekerjaan-pekerjaan detailing. Selain itu perlu pengetahuan tentang bentuk-bentuk penetrasi, apakah: skylight, curb, penangkal petir, ducting, pipa saluran air, conduit, exhaust fan, air condition/fusion, kolom hollow, kolom platform berupa IWF, dan lain-lain.
Memang sumber kebocoran tidak disebabkan hanya oleh penetrasi tetapi juga dikarenakan flashing dan foot traffic. Namun penetrasi yang perlu penanganan lebih jelimet dibanding kedua sumber tersebut.
Dalam kasus penetrasi, seperti pipa dan roof drain, sambungan-sambungan merupakan bagian yang harus diperhatikan secara teliti dan dikerjakan dengan baik sehingga kedap air.
Pada atap Single-Ply Roof Membrane System, ketika kita mengerjakan penetrasi berupa pipa menggunakan flashing dari bahan yang sama dengan atap (misal TPO), biasanya dilakukan di lapangan. Ujung flashing membrane diikat dengan ring (drawband), lalu disealant mengelilingi pipa secara merata. Sedangkan bagian bawah flashing yang berhubungan dengan atap membrane dilekatkan atau dilas dengan hot air welding. Dengan cara yang sama diterapkan pada jenis-jenis penetrasi lainnya, seperti: skylight, kolom hollow, penangkal petir, dan lain sebagainya.